ระบบปฏิบัติการ ไม่จำเป็นเสมอไปว่าจะต้องใช้ระบบปฏิบัติการที่ออกใหม่ล่าสุด แต่ถ้าภายในองค์กรมีกำลังทรัพย์พอที่จะเปลี่ยนก็จะเป็นการดี แต่ถ้าด้วยสาเหตุที่งบประมาณน้อยก็ใช้ระบบปฏิบัติการเดิมแต่ต้องทำการติดตามอัพเดต Hotfix และ Service Pack ต่างๆ ซึ่งสามารถอ่านรายละเอียดเพิ่มเติมในหัวข้อ "วิธีการติดตั้ง Microsoft Hotfix และ Service Pack"
โปรแกรม Internet Explorer หรือ IE เป็นโปรแกรมเว็บบราวเซอร์ที่มาพร้อมกับระบบปฏิบัติการวินโดวส์ทุกเวอร์ชัน เนื่องด้วยไวรัสในยุคปัจจุบันจะอาศัยช่องโหว่ "Incorrect MIME Header Can Cause IE to Execute E-mail Attachment" ในการจู่โจม ซึ่งเป็นการเอ็กซิคิวต์ไฟล์ไวรัสที่แนบมากับอี-เมล์โดยอัตโนมัติ และการจู่โจมด้วยวิธีนี้ประสบความสำเร็จเป็นอย่างมาก ดังนั้นวิธีการเพื่อป้องกันไวรัสคือการอัพเดตเวอร์ชันของโปรแกรม IE ให้เป็นเวอร์ชันล่าสุด ซึ่งในขณะนี้คือ เวอร์ชัน 6 Service Pack 1 (IE 6 SP1) นอกจากนี้แล้ว การปรับแต่งค่า Security Zone ก็เป็นวิธีที่จะช่วยให้ปลอดภัยจากไวรัสคอมพิวเตอร์ได้ในระดับหนึ่ง ซึ่งรายละเอียดเพิ่มเติมในหัวข้อ "การปรับค่า Security Zone เพื่อป้องกันไวรัสของโปรแกรม MS Internet Explorer"